本文為一般性說明，不構成稅務意見。稅率與門檻調整頻繁，實際適用請以日本與台灣官方當期規定為準，並取得專業人士的個案意見。
「日本買房萬萬稅」這個說法會讓人焦慮，但焦慮沒有幫助。實際上日本的不動產稅制結構清楚，只要按發生時點排出來，就知道什麼時候該準備多少錢。
時點一：取得時（一次性）
印紙稅（依契約金額）、登錄免許稅（所有權移轉登記，若有貸款另有抵押權設定）、不動產取得稅（交屋後一段時間才寄發，最常被遺忘）、以及司法書士的報酬。此外還有仲介手數料與固定資產稅的年度分攤。這一塊加總起來佔價金的比例不低，必須在預算中獨立編列。
時點二：持有中（每年）
固定資產稅與都市計畫稅，依課稅標準額計算、每年寄發稅單。非居住者需由納稅管理人代收代繳。若有租金收入，另需辦理確定申告，可扣除折舊、管理費、修繕、保險與稅金等費用後就淨所得課稅。
時點三：出售時
讓渡所得稅，稅率因持有期間長短而異，且持有年數以出售年份的一月一日為基準計算。非居住者另有源泉徵收與申報的相關機制。此外有印紙稅與仲介手數料。
時點四：繼承或贈與時
日本境內的不動產在繼承或贈與時適用日本的相關稅制，計算基準與台灣不同（土地常以路線價為基礎）。台灣的遺產稅可能同時就全球財產課徵，因此可能出現兩地同時發生的情形。
台灣端同時發生的義務
租金收入與出售所得屬於個人海外所得，達門檻時併入基本所得額計算。持有本身不課稅，但資金匯出入需依規定辦理並保留憑證。兩地都申報不等於被課兩次，台日之間有避免雙重課稅的機制可主張，但前提是正確申報並保留完稅證明。
哪一筆最容易被忽略、金額又不小？
不動產取得稅。它不是在交屋時繳，而是在交屋後一段時間才由地方政府寄發納稅通知，這時多數買方已經把預算用完、注意力也轉移了。非居住者更麻煩：稅單寄到日本的住址，如果沒有指定納稅管理人或沒安排好收件，可能根本沒收到，等到滯納才發現。務實的做法是在交屋時就做三件事：把不動產取得稅的概算金額預留下來、指定納稅管理人、並向管理公司確認稅單的收件與轉知流程。這三件事花不到一小時，能省掉後面很多麻煩。
常見問題
不動產取得稅什麼時候繳？
交屋後一段時間由地方政府寄發納稅通知，非交屋時繳納。非居住者應指定納稅管理人並確認稅單收件流程，避免滯納。
租金收入在日本和台灣都要報嗎？
日本端需辦理確定申告，台灣端的海外所得達門檻時併入基本所得額。兩地有避免雙重課稅的機制可主張，需正確申報並留存完稅證明。
繼承時日本和台灣會不會重複課？
日本境內不動產適用日本稅制，台灣可能就全球財產課徵遺產稅，存在同時發生的可能。應事先取得兩地專業意見規劃持有架構。