本文為一般性說明，不構成稅務意見。稅率與門檻調整頻繁，實際適用請以日本與台灣官方當期規定為準，並取得專業人士的個案意見。
「日本買房萬萬稅」這個說法會讓人焦慮，但焦慮沒有幫助。實際上日本的不動產稅制結構清楚，只要按發生時點排出來，就知道什麼時候該準備多少錢。
時點一：取得時（一次性）
印紙稅（依契約金額）、登錄免許稅（所有權移轉登記，若有貸款另有抵押權設定）、不動產取得稅（交屋後一段時間才寄發，最常被遺忘）、以及司法書士的報酬。此外還有仲介手數料與固定資產稅的年度分攤。這一塊加總起來佔價金的比例不低，必須在預算中獨立編列。
時點二：持有中（每年）
固定資產稅與都市計畫稅，依課稅標準額計算、每年寄發稅單。非居住者需由納稅管理人代收代繳。若有租金收入，另需辦理確定申告，可扣除折舊、管理費、修繕、保險與稅金等費用後就淨所得課稅。
時點三：出售時
讓渡所得稅，稅率因持有期間長短而異，且持有年數以出售年份的一月一日為基準計算。非居住者另有源泉徵收與申報的相關機制。此外有印紙稅與仲介手數料。
時點四：繼承或贈與時
日本境內的不動產在繼承或贈與時適用日本的相關稅制，計算基準與台灣不同（土地常以路線價為基礎）。台灣的遺產稅可能同時就全球財產課徵，因此可能出現兩地同時發生的情形。
台灣端同時發生的義務
租金收入與出售所得屬於個人海外所得，達門檻時併入基本所得額計算。持有本身不課稅，但資金匯出入需依規定辦理並保留憑證。兩地都申報不等於被課兩次，台日之間有避免雙重課稅的機制可主張，但前提是正確申報並保留完稅證明。
哪一筆最容易被忽略、金額又不小？
不動產取得稅。它不是在交屋時繳，而是在交屋後一段時間才由地方政府寄發納稅通知，這時多數買方已經把預算用完、注意力也轉移了。非居住者更麻煩：稅單寄到日本的住址，如果沒有指定納稅管理人或沒安排好收件，可能根本沒收到，等到滯納才發現。務實的做法是在交屋時就做三件事：把不動產取得稅的概算金額預留下來、指定納稅管理人、並向管理公司確認稅單的收件與轉知流程。這三件事花不到一小時，能省掉後面很多麻煩。
出價前就先查出每年的固定資產稅
固定資產稅每年都要繳，但很多人是交屋後收到稅單才第一次知道金額。其實在出價前就能先掌握，方法有三種：
- 請賣方提供最近一期的納稅通知書影本：上面有土地與建物各自的評價額、課稅標準額與稅額，是最直接的資料。
- 請仲介提供固定資產評價證明的內容：交易時計算登錄免許稅與不動產取得稅，也會用到評價額，仲介通常會在估算取得費用時取得。
- 確認土地是否適用住宅用地的特例：蓋有住宅的土地，課稅標準有減輕的特例；若你買的是空地或要改建成非住宅用途，稅額可能明顯增加。
把稅額寫進持有成本表之後，再用它去檢查賣方或仲介提供的收益試算，常會發現試算裡的稅金估得太低，或者根本沒列。
新建住宅的減額期間結束，稅額會跳一階
買新建公寓或新建透天的人，常在前幾年覺得日本的固定資產稅不高，這往往是因為新建住宅的建物部分，在一定期間內有減額措施。期間結束後，建物部分的稅額回到原本的計算方式，帳單會明顯變高。
這不是額外的新稅，而是優惠到期。問題在於很多收益試算是拿減額期間的稅額去計算，讓前幾年的收益看起來特別好。看新建物件時，請仲介分別列出減額期間內與期間結束後的預估稅額，用後者來評估長期持有的收益。適用條件與期間依建物種類與規定而不同，以所在市町村的說明為準。
取得價格要拆成土地與建物，它會一路影響到出售
日本的稅制把不動產分成土地與建物兩部分處理：建物可以每年提列折舊，土地不行。所以買進時的價格怎麼拆分，會影響持有期間每年的租金所得，也會影響出售時的讓渡所得。
以下為假設數字，只用來說明計算方式。假設你以三千萬日圓買進一間出租公寓，其中建物一千兩百萬日圓、土地一千八百萬日圓。持有期間累計提列的建物折舊為四百萬日圓，之後以三千兩百萬日圓出售、出售費用一百萬日圓：
- 計算讓渡所得時的取得成本，是原始價格三千萬日圓減去已提列的折舊四百萬日圓，也就是兩千六百萬日圓。
- 讓渡所得等於售價三千兩百萬日圓，減去取得成本兩千六百萬日圓與出售費用一百萬日圓，結果是五百萬日圓。
- 如果只看買價和賣價，你可能以為只賺了兩百萬日圓，但稅是用五百萬日圓去計算的。
折舊在持有期間幫你降低了每年的租金所得稅，但到了出售時會反映回來。這不是陷阱，而是同一筆成本在不同時點認列。真正的陷阱，是事前沒有算進去，出售時才發現稅額比預期高。
拆分的依據也要在簽約時就處理好。向不動產業者購買時，契約上的建物價格通常含有消費稅，可以作為拆分的根據；向個人購買而契約只寫總價時，實務上常以固定資產稅評價額中土地與建物的比例來分配。採用哪一種方法、是否需要在契約中分別記載，建議簽約前就請稅理士確認，不要等到第一次申報時才補。
找不到當初的取得文件，出售時會多繳稅
計算讓渡所得時，如果無法證明當初的取得成本，日本的規定是只能用售價的一定比例當作取得成本。對於買進價格不低的物件，這個推算出來的成本通常遠低於實際成本，等於多出一大段所得要課稅。
所以交屋後要長期保存以下文件：買賣契約書、付款的匯款紀錄、仲介費與司法書士報酬的收據、登記費用與各項稅金的繳納證明，以及持有期間大型整修的契約與發票。持有十幾年後才出售的人，最常遇到的就是文件散失，建議交屋時就掃描成電子檔，並在日本與台灣各留一份。
常見問題
不動產取得稅什麼時候繳？
交屋後一段時間由地方政府寄發納稅通知，非交屋時繳納。非居住者應指定納稅管理人並確認稅單收件流程，避免滯納。
租金收入在日本和台灣都要報嗎？
日本端需辦理確定申告，台灣端的海外所得達門檻時併入基本所得額。兩地有避免雙重課稅的機制可主張，需正確申報並留存完稅證明。
繼承時日本和台灣會不會重複課？
日本境內不動產適用日本稅制，台灣可能就全球財產課徵遺產稅，存在同時發生的可能。應事先取得兩地專業意見規劃持有架構。